Paul Klee nasce nel 1879 a Münchenbuchsee, vicino a Berna, da padre tedesco e madre svizzera, entrambi musicisti. Da ragazzo, Klee dimostra un talento fuori dal comune come violinista e disegnatore. Pur avendo preso in considerazione per un breve periodo la carriera musicale, nel 1898 scelse di frequentare la scuola d'arte a Monaco. Lì studia pittura all'Accademia di Belle Arti.
Nonostante l'immenso talento naturale come disegnatore, Klee si sottopone a un rigoroso periodo di apprendistato solitario durante il primo decennio della sua carriera. Nel 1911 incontra Wasily Kandinsky e Franz Marc, con i quali si lega al circolo Blaue Reiter. L'orientamento internazionale di questo gruppo stimola l'interesse di Klee per il cubismo parigino e, in particolare, per la teoria e la pittura di Robert Delaunay.
Nel 1920 Klee ottiene il suo primo grande successo di critica: una mostra di oltre 350 opere si tiene alla Galleria Hans Goltz di Monaco e vengono pubblicate due monografie dedicate al suo lavoro. Nell'ottobre dello stesso anno viene invitato da Walter Gropius a far parte della facoltà del Bauhaus di Weimar, appena fondato.
Klee credeva così fortemente nelle forze dell'intuizione e della spontaneità che i surrealisti di Parigi lo consideravano un precursore dell'automatismo. Durante gli anni trascorsi al Bauhaus Klee elaborò una teoria della dinamica della forma pittorica di così vasta portata da essere inevitabilmente paragonata alle indagini di Leonardo. Come quelle di Leonardo, le analisi di Klee sui principi creativi riflettono la sua profonda conoscenza della musica, della scienza, della natura, della filosofia e della letteratura. Queste sono riassunte nel suo preziosissimo Sketchbook pedagogico, pubblicato dal Bauhaus nel 1925. Sempre in questo periodo inizia ad acquisire fama internazionale; la sua prima mostra americana si tiene a New York nel 1924.
Nel 1931 Klee lascia il Bauhaus per diventare professore all'Accademia d'Arte di Dusseldorf. Due anni dopo, il regime nazionalsocialista di Hitler lanciò una campagna contro quella che denunciava come arte moderna "degenerata". Klee, figura riconosciuta dell'avanguardia artistica, non fu risparmiato. Subì la perquisizione della sua casa e infine fu licenziato dal suo incarico all'Accademia. Obbligato a lasciare la Germania, Klee e sua moglie tornarono a Berna. Nel 1935 Klee fu colpito da sclerodermia. Nonostante la sua condizione di fragilità e l'isolamento dai colleghi, questo periodo porta a un trionfale rinnovamento delle energie creative di Klee. L'artista riempì gli ultimi anni della sua vita con la creazione di centinaia di dipinti e disegni audaci e avvincenti, lavorando senza sosta fino alla morte, avvenuta nel giugno 1940 in un sanatorio di Muralto-Locarno.